Санитарные рубки проводят в древостоях (независимо от возраста) неудовлетворительного санитарного состояния для уборки сухостоя, бурелома, ветровала и других поврежденных деревьев. Цель ухода оздоровление и санитарная профилактика древостоя, а также предупреждение распространения пожаров. Как самостоятельное мероприятие санитарную рубку назначают, когда нельзя ее совместить с рубками ухода в текущем или ближайшем году.
При санитарных рубках удаляют сухостой, ветровал, бурелом, снеголом, деревья с механическими или биологическими повреждениями до степени отмирания, т. е. изогнутые снегом или ожеледью (за исключением дуба), заселенные вторичными вредителями (короедами, усачами, златками), а также поврежденные грибными заболеваниями (серянкой, сосновой и корневой губками и др.). Если в результате вырубки всех поврежденных деревьев полнота древостоя становится менее 0,6, ограничиваются уборкой сухостоя и деревьев, заселенных различными вредителями. Удаление только сухостоя не дает должного санитарного оздоровления леса, так как в сухостое и валежнике стволовых (вторичных) вредителей нет; оставление деревьев, заселенных вредителями леса и пораженных грибными болезнями, или опоздание с их вырубкой создает условия для распространения заражения. В связи с этим в местах, где санитарные рубки не могут быть осуществлены в ближайшее время, в качестве специальной защиты леса проводят уборку деревьев, с веже заселенных вредными насекомыми.
Значительное изреживание древостоя часто приводит к постепенному отмиранию деревьев под воздействием ветра, вызывающего поломку ветвей и вершин, обрыв корней. Такие породы, как, например, ель, вываливаются с корнями, сосна ломается. В связи с этим при необходимости сильного прореживания древостоя в санитарных целях после соответствующего его обследования проводят сплошную санитарную рубку.
В порядке санитарного ухода за лесом требуется очистка внелесосечной захламленности: уборка ветровала и бурелома, частично или полностью потерявшего технические качества. Если такая древесина находит сбыт, долготье разделывают на дрова, в противном случае валежник очищают от крупных сучьев, разрезают на части и оставляют на перегнивание. Сучья сжигают в кучах или разрубают и разбрасывают равномерно по площади.
Для выборочных санитарных рубок и очистки леса от захламленности лесосеки не отводят. На углах квартала, намеченного к рубке или очистке, ставят такие же столбы, как на делянках рубок ухода. Пройденную санитарным уходом площадь учитывают как сумму площадей таксационных участков (выделов) по данным лесоустройства, в которых проведен уход. При санитарных рубках убирают и валежник.